Στην περιοχή της Μαραθοκεφάλας, κοντά στο γραφικό χωριό της Σπηλιάς, βρίσκεται το Σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη, ένας ιδιαίτερος τόπος με μεγάλη ιστορική και θρησκευτική σημασία. Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, το σπήλαιο χρησιμοποιήθηκε ως κρυφό σχολειό, ενώ σήμερα αποτελεί δημοφιλές προσκύνημα και αξιοθέατο για τους επισκέπτες. Στο εσωτερικό του σπηλαίου αναβλύζει το «αγίασμα του Αγίου Ιωάννη», το οποίο στάζει αργά από μια σχισμή στον βράχο, δημιουργώντας μια ιδιαίτερη ατμόσφαιρα. Στην ίδια περιοχή, η μικρή εκκλησία και η κρύπτη προσθέτουν ένα ακόμη κομμάτι στην πλούσια ιστορική ταυτότητα του τόπου. Η κρύπτη, που χρησίμευε ως καταφύγιο του Οσίου Ιωάννη του Ερημίτη από τις συχνές επισκέψεις βοσκών και αγροτών, δίνει μια επιπλέον πνευματική και ιστορική διάσταση στη Μαραθοκεφάλα, καθιστώντας τη έναν από τους πιο ξεχωριστούς θρησκευτικούς προορισμούς της Κρήτης.